「プレイヤー」はVRゲーマーであるあなた自身。新作VRゲームを遊ぼうとVRヘッドセットを被った瞬間、カミ鎮めの巫女「コセ・ハル」のいる並行世界と繋がってしまった。
日本の大正時代とよく似たこの並行世界では、明治維新後に蒸気機関が普及し、古より伝わる気の力と融合して、独自の発展を遂げていた。そして、この世界では「カミ」という巨大生物が定期的に顕現し、暴れることが日常であった。
顕現したカミを鎮めるのは神社に奉職する神職たち。彼らは祈りの力や気の力を使った武術で、命を賭してカミを鎮め、人々の生活を守っていた。
そんなある日、聖地オノゴロ島に、五柱ものカミが同時に顕現したとの一報がもたらされ、大神宮の祭主である巫女「ハル」は、オノゴロ島に派遣されることになった。
しかし、ハルは、オノゴロ島で起こった「カミ」の騒乱の首謀者、「アラキダ・マサタケ」によって、体の一部を奪われ、要石に封印されて、社に閉じ込められてしまった。
ハルが残った僅かな霊力で、助けを召喚したところ、偶然にもプレイヤーが召喚されてしまったのだ。
ハルはプレイヤーに「アラキダ・マサタケという男が、私の身体の一部と弓を奪った。取り返してカミ鎮めをしなくては、大厄災が起きる。助けて欲しい」と懇願する。
プレイヤーは、ハルとともに、オノゴロ島の神籬（ひもろぎ）の謎を解き、カミを鎮め、アラキダの野望を食い止めるべく、冒険に出ることを決意したのだった。
